Jawad Farid Bawaqna, de 57 anos, foi morto por uma bala no peito, e Adham Mohamed Basem Jabarin, de 28, foi atingido no abdômen, segundo o ministério.
O exército israelense disse que durante a operação "antiterrorismo no acampamento de refugiados de Jenin, homens armados dispararam fortemente contra as forças de segurança, que responderam à altura".
"Também foram lançados artefatos explosivos contra as forças. Os soldados prenderam uma pessoa suspeita de envolvimento em atividades terroristas e apreenderam um fuzil M16, peças de fuzil, equipamento militar, materiais explosivos e munições", disse a força de segurança.
Um soldado israelense foi "levemente ferido durante a operação e levado a um hospital para receber atendimento médico adicional", acrescentou.
O movimento palestino Jidah Islâmico identificou Jabarin como membro. Bawaqna era professor de educação física no campo de refugiados de Jenin, disse o vice-governador da província, Kamal Abu al Rub.
